De 1986 até 30 de Junho a representar O Mundo dos Guarda-Redes, Gustavo Múnua deixou as balizas e assumiu o cargo de treinador principal do Nacional, clube da sua formação e retirada.
Iniciado em 1986 nas balizas dos Tricolores, deixou o Uruguai em 2003 para assinar pelo Deportivo. Na Corunha esteve seis anos até sair para o Málaga, tendo passado para o Levante uma temporada depois - 2010/2011. Em três anos no clube de Valência fez quase uma centena de jogos pelos Granotes e saiu para a Fiorentina, onde não saboreou o Calcio.
No clube que o formou desde 2014, venceu o Campeonato Uruguaio 2014/2015 e encerrou a carreira com o novo desafio proposto pela direcção do Nacional.
Internacional por 21 vezes pela selecção do Uruguai, fechou a sua carreira de baliza aos 37 anos.